太子朱瞻基抵达南京后，面对满目疮痍的灾后景象和惶惶不安的人心，展现出了远超年龄的沉稳与干练。他深知，此刻的南京，不仅需要粮食和药材，更需要一个强有力的主心骨和清晰明确的指令，以最快的速度恢复秩序与信心。
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他并未急于入住还算完好的旧皇城宫殿，而是将行辕设在了紧邻受灾区域的南京兵部衙门，以示与军民共度时艰的决心。
次日，他便召集南京留守官员、勋贵及士绅代表，召开了一次紧急会议。会上，他并未过多寒暄，直接切入主题：
“天降灾厄，非人力可阻。然，人定并非不能胜天！皇上圣心忧切，特遣本宫前来，一则抚慰灾民，二则重整秩序。今日起，南京诸事，皆需以救灾安民为第一要务！”
他随即颁布了一系列紧急措施：
一、开仓放粮，设棚施粥：立即开启南京各大官仓，于城内各处设立粥棚药铺，确保灾民不致饿殍遍野，疫病滋生。严令：“有敢克扣赈粮、中饱私囊者，无论官职，立斩不赦！”
二、清理废墟，安置流民：组织兵丁、招募民夫，迅速清理街道废墟，疏通河道。搭建临时居所，安置无家可归者，并发放必要生活物资。
三、以工代赈，修复城垣：招募青壮灾民，参与城墙、衙署、官道的修复工作，按日发放钱粮，既恢复生产，又稳定民心。
四、减免税赋，鼓励商贾：奏请朝廷，减免南京及周边受灾州县本年税赋。鼓励各地商贾运粮米、建材入城平粜，官府给予一定补贴和便利。
五、彻查冤狱，安定人心：下令复核南京刑部、大理寺积压案件，特别是涉及民生的小案，迅速决断，释放轻罪囚犯参与劳役，以示朝廷仁政。
这些措施条理清晰，切中要害，且由太子亲自督导，雷厉风行，无人敢怠慢。短短旬日，南京城的混乱景象便大为改观，秩序逐渐恢复，民心初步安定。太子朱瞻基的威望，在江南官民心中迅速树立起来。
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在公开处理政务之余，朱瞻基时常只带少数贴身护卫，微服出巡，深入市井巷陌、灾民聚集之地，亲自体察民情。他倾听百姓的抱怨与诉求，检查粥棚米粥的稠稀，查看药材的质量，甚至亲自询问孩童是否吃饱。
这些举动，通过百姓之口和随行官员的奏报，迅速传播开来，为其赢得了“仁德”、“务实”的美誉。同时，他也通过这些暗访，掌握了许多官方报告无法反映的真实情况，例如某些基层官吏的怠政、勋贵之家占用救灾资源、以及民间对漕运负担过重的普遍怨言等。
他将这些信息一一记下，成为他未来施政的重要参考。
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尽管公开场合无人敢轻易提及，但迁都之议，始终是萦绕在南京城上空一道无形的幽灵。太子朱瞻基谨记父皇嘱托，在与南京守备太监、勋贵、致仕老臣及大儒名士的私下会见中，巧妙地探询各方对此事的看法。
他很快发现，态度泾渭分明。以南京守备太监、部分江南籍贯的官员和士绅为代表的一方，对还都南京持热烈欢迎态度，言必称“祖宗基业”、“漕运省费”、“民心所向”。而以一些北方籍贯的勋贵、武将及随永乐帝北迁的官员后代为代表的一方，则顾虑重重，强调“北疆防御”、“九边重镇”、“根本之地不可轻弃”。
太子本人则持审慎态度。他亲眼见到了南京的繁华底蕴和地理优势，也感受到了漕运的艰难和北方的战略重要性。他意识到，迁都事关国本，牵涉利益巨大，绝非可轻易决断之事。他将各种意见详细记录，准备回京后向父皇做全面客观的禀报，而非轻易表态。
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运河刺杀案的调查，始终是悬在南京官场上空的一把利剑。锦衣卫指挥佥事顾乘风风尘仆仆地赶到南京行辕，向太子朱瞻基汇报初步调查进展。书房内，烛火通明，却照不透两人之间凝重的气氛。
顾乘风面色凝重，将一份密奏呈上：“殿下，臣等初步勘查，爆炸物确系军中所用之高纯火药，其配方与工部规制略有不同，威力更大，似经高人改良。那两艘肇事货船船主，已于事发后第三日被发现溺死于家中，尸检呈他杀后抛尸状，疑似灭口。水下刺客身手矫健，所用闭气器具精良，绝非普通水匪所能及。现场清理极为干净，几乎未留痕迹