再次展开。林凡四人面对数倍于己的敌人，且场地狭窄，极为不利。
“必须拿到那些样本！”林凡下定决心，“不能让他们复制管理员！”
借助对地形的熟悉，林凡和小雅迂回包抄，终于闯入实验室。罗格和另一队员在外面拖住敌人。
将军已奄奄一息，但看到林凡时眼睛一亮：“你...终于来了。记住...不要相信任何...”话未说完便昏死过去。
林凡来不及多想，迅速收集散落的样本和数据。就在这时，他注意到一个奇怪现象：所有样本都在迅速降解，仿佛缺少某种“稳定剂”。
“样本需要活体保持，”小雅判断，“必须追上马库斯！”
他们冲出实验室，但马库斯早已不见踪影。清洁工部队接到命令，开始不计代价地阻拦他们。
就在陷入苦战时，林凡突然感到怀中那个“将军的信物”在发烫！他取出装置，发现它正在发出某种信号。
更惊人的是，所有清洁工机器人接收到信号后，突然停止行动，眼中红光转为蓝光，然后齐声说：
“权限确认。夜莺协议激活。听从您的命令，林凡先生。”
局势瞬间逆转！马库斯显然不知道，将军早已在清洁工系统中埋下了后门程序！
林凡立即下令：“追踪马库斯！阻止他离开基地！”
清洁工部队立即执行，如潮水般涌向出口。林凡小组紧随其后。
基地内部陷入混乱。马库斯的忠诚部队与倒戈的清洁工激烈交火，给了林凡可乘之机。
终于，他们在停机坪追上马库斯。后者正准备登上一架方舟飞行器，看到倒戈的清洁工后脸色大变。
“不可能！清洁工系统应该已经被我净化了！”马库斯惊恐道。
林凡举起那个信物：“将军从来不相信你，马库斯。交出样本，投降吧。”
马库斯狞笑：“太迟了！样本已经传送给方舟！而且...”他按下某个按钮，“我宁愿毁了这一切！”
整个基地开始自毁倒计时！只有十分钟逃生时间！
马库斯趁机登机起飞。林凡试图阻拦，但飞行器迅速升空，消失在夜空中。
“必须立即撤离！”小雅拉着林凡，“自毁程序无法停止！”
他们带着昏迷的将军和剩余队员，乘坐清洁工提供的车辆全速逃离。就在冲出基地的瞬间，身后传来惊天动地的爆炸！铁鹰总部化为一片火海。
暂时安全后，林凡查看最新消息，心沉了下去：虽然阻止了马库斯的大部分计划，但最关键的部分样本还是被传送给了方舟。
更糟糕的是，罗格小队发来紧急通讯：北方出现异常能量波动，创世之柱正在激活！博士的计划似乎提前了！
而系统界面，一条新信息静静等待着：
【检测到方舟使用复制样本】
【新管理员创造程序启动】
【预计完成时间：71小时】
【最终协议解锁条件变更：摧毁新管理员】
林凡看着远方天空中若隐若现的方舟舰船，知道最后的战斗即将开始。而这一次，对手可能是自己的复制体。
夜风中，他感到怀中的结晶微微脉动，仿佛在预示着什么。而那个关于自己身份的问题，终于有了答案，却带来了更多疑问。
将军在颠簸中微微醒来，抓住林凡的手，用尽最后力气说：
“找到...夜莺...她知道...最初的计划...”
说完，再次陷入昏迷。林凡握紧手中的信物，知道下一个目的地已经明确。
但时间，似乎已经不站在他们这边了。